Пажитник сенной является одним из старейших лекарственных растений. Его семена, найденные на территории современного  Ирака, датируются 4000 г. до н.э. Археологи обнаружили семена пажитника и в могиле Тутанхамона. Древние египтяне ели это растение как овощ, а его семена входили в состав специй, которые они использовали для бальзамирования. Пажитник использовался в Древнем Египте для лечения ран, воспалений, ожогов и для содействия родам, а вместе с медом - для лечения диспепсии, диабета и рахита.

    Записки Диоскорида, древнеримского врача, фармаколога и натуралиста, одного из основателей фармакогнозии и ботаники, свидетельствуют о широком использовании этого растения при лечении гинекологических проблем, включая вагинит, вульвит и инфекции матки.

   Семена пажитника ели гладиаторы и греческие спортсмены для аппетита и увеличения сил. Кроме того, древние греки и римляне считали пажитник сильным антидиабетическим средством, а также использовали его в качестве популярной добавки к кормам для скота, так как пажитник повышает аппетит животных, а запах растения передается молоку.

   В Древнем Китае врачи применяли пажитник для лечения грыж,  при болезнях мочевого пузыря, мышечных болях и импотенции, рекомендовали при лихорадках, кишечных и легочных заболеваниях.

   Пажитник традиционно использовался и до сих пор широко применяется в Северной Африке, на Ближнем Востоке и в Индии для лечения анорексии, а также в качестве жаропонижающего средства, для успокоения гастрита и язв желудка, при родовспоможении и в качестве галактогена.

   В Аюрведе это растение называют шамбалой. В классической аюрведической медицине пажитник используется в качестве общеукрепляющего средства для облегчения многих желудочно-кишечных заболеваний, в качестве молокогонного средства, а также для лечения геморроя и хронического кашля. Индийские женщины едят семена шамбалы после родов, чтобы укрепить спину,  восстановить силы и увеличить приток грудного молока.

   В Центральную Европу это растение завезли в IX веке монахи- бенедиктинцы, после чего в императорских садах Карла Великого началось довольно широкое культивирование пажитника. Именно начиная с IX века, это растение стало широко применяться в европейской медицине для лечения ран, лихорадок, респираторных и желудочных заболеваний.

   Пажитник входил в очень популярный в конце XIX - начале ХХ века в Америке «Эликсир  Лидии Пинкхэм», помогающий при менструальном дискомфорте. Этот эликсир считался величайшим медицинским открытием XIX века.